學園都市製作的太空電梯──「安迪米昂」。
電梯即將完成的某日，上?與茵蒂克絲遇見無能力者（ＬＶ０）的少女──鳴護艾莉紗。
熱愛歌唱的艾莉紗通過甄選得到出道機會，三人一同慶祝，度過快樂的時光。
然而，史提爾於此時率領魔法師突然襲擊，他的目標是艾莉紗。
身為科學側的艾莉紗，為何會被魔法側襲擊？受到魔法側突襲的學園都市派出維安部隊。
女隊長夏特奧拉率領的黑鴉部隊，和史提爾等人開戰。
上?、茵蒂克絲與艾莉紗身邊的狀況混亂至極，此時史提爾告知：
「那名少女，可能引發魔術側和科學側之間的戰爭──」
科學與魔法交會時，故事以「安迪米昂」為舞台展開──！
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