第1話 白色火焰
各國情報組織卻只有極少的線索，Weiβ決定潛入可能跟事件有關的一所菁英培育學校恆婭學園進行調查工作。恆婭學園與周邊設施自成一個社區，表面上在學園掌權的是稻桓總主任和特別班級G班的優秀學生藤堂，但是背後似乎有更大的無形勢力在操控。榭那和蘭混進學園的不久，發現學校用電腦保護程式替學生進行洗腦的工程，但更進一步的資訊則藏在層層保護下的神祕特別班級…
第2話 神會傷害你珍惜的人
榭那的同班同學希美進入S班之後，無法適應嚴苛的洗腦式教育，情況越來越糟。希美在圖書館遇到榭那時向他求救，不願意回到S班，卻出現了一群帶面具的學生企圖強行帶走希美，幸好蘭及時趕到化解了危機。當市長到學園視察時，惹得天才學生也是學校實際掌權者藤堂不高興，視察結束回去市府途中就發生車禍慘死在車內。希美回到普通班級後仍然被洗腦影響很不快樂，榭那雖然試著幫助她卻仍然無法阻止她跳樓自殺…
第3話 Sweet Nothing
希美的死讓榭那非常自責並決心為希美討回公道，不聽Weiβ同伴的勸告執意要找藤堂算帳。另一名Weiβ的成員京，則忍下為弟弟報仇的衝動，繼續調查的任務。榭那找到藤堂之後，卻被藤堂巧妙的說詞所誤導而中了藤堂的借刀殺人之計，把仇恨都轉移到總主任稻桓身上，遂不顧命令擅自決定殺掉稻桓，蘭和京聞訊前往阻止卻為時已晚，而且榭那在殺了稻桓才發現稻桓竟然是他的….
第4話 Rhodesia
榭那在中了藤堂的借刀殺人之計殺了稻桓之後，藤堂藉此機會想要掌握恆婭學園所有的資源，軟禁教師宣佈學園獨立，並且煽動學生追捕叛徒榭那，想藉此引出潛入校園的其他Weiβ成員。藤堂掌握了學園所有資訊之後，發現除了S班和G班之外，還有神祕的Z班以優生學的方法製造超級人類。京看見榭那被學生追捕陷入險境，不顧身分曝光挺身而出…
第5話 Its too late
京為了救榭那而身陷危機，只好挾持藤堂的助理美崎衝出重圍，G班的學生為了營救美崎只好暫時放下監視教師的任務，趁機逃出教室的老師，並且安撫學生讓暴動暫時告一段落。藤堂知道了Z班的祕密之後前往Z班的實驗室一探究竟，卻在那裡看見了和他長得一模一樣的複製人，並且得知他自己也是複製人的真相，此時京也趕到Z班的實驗室。藤堂在無法接受自己是複製人的事實之下舉刀自殺，京也意外遇到Z班所培養，令人前所未見的強勁對手…
第6話 No Reason
榭那和蘭趕到Z班實驗室為時已晚，見到的是藤堂和京的屍體。另一方面，在歐洲的一處菁英學校，Weiβ的健和耀爾正在執行奪取資料和消滅的指令。學校雖然有Z班的女複製人雪兒，但仍然不敵耀爾的鋼絲。健也成幼釣鴗FEpitaph的電腦檔案。恆婭學園表面上已正常運作，蘭和榭那也回到了原來的師生身分，耀爾和健也各就戰鬥位置...
第7話 Jeep Star
恆婭學園Z班的事件暫告一段落，失去成員的Weiβ，為了揪出隱藏在學園背後真正的黑暗勢力，仍舊留在學園進行調查工作。Weiβ成員分頭進行調查，健負責找出藏在學校地底的Z班，耀爾則負責接觸土井老師，榭那則在波斯的默酗U調查霜島和這次事件的關係。調查尚未完成，但波斯卻認為因無確切證據可證明SS還潛伏在學園，命令大家從恆婭學園撤退...
第8話 Instant Karma
耀爾為了搜查出隱藏在學園幕後黑手，而與土井發生關係，但是在過去曾因任務而被他殺掉的女人，卻一直在他的腦中揮之不去...。霜島想利用強化人一次解決掉所有的Weiβ，土井卻伸手將之阻止。另外霜島仍然執意要將榭那引到競技場，一口氣將Weiβ處置掉，正當強化人要殺掉榭那之時，蘭出手與強化人翠霧戰鬥，雖然腦中已經輸入了蘭的戰鬥數據，但是翠霧仍然敗在蘭的刀下。
第9話 Mellow Candle
波斯放手讓榭那獨自到處衝撞，果然讓霜島露出了狐狸尾巴，既然人造人又再次於學園出現，任務當然要持續下去。健在調查學園長發現了驚人事實，原來學園長並非是很少到學園，而是一直待在學園裡從未踏出校外。翠霧負傷逃出SS的基地並意外碰到淺見老師，淺見本要找蘭協助，但在找不到蘭的情況之下，只好把她認為是好人的土井帶來，就在蘭急忙趕到之時...
第10話 Velvet Underworld
Epitaph從德國招來Rosen
Kreuz，預備迎戰即將到來的Weiβ們。而臣的爺爺鷹取齋上對Crashers下達了除掉蘭的指令。臣則因而恢復他Weiβ的身份，決意剷除掉SS製造人造人的基地。Weiβ至基地之時，遭霜島帶領的Z班學生阻擋，雙方交戰的當下，原該在德國辦事的那岐卻突然出現，用念動力收拾掉所有學生，霜島見大勢已去遂舉槍自殺。當Weiβ一行人正要走入基地，蘭卻被耀爾一鞭子纏住了脖子...
第11話 Piece of Heaven
蘭在SS的基地入口和誤入歧途的耀爾纏鬥，其他人則闖入基地執行任務。闖入基地的Weiβ們碰上了前所未見的頑強敵手Rosen Kreuz，正當陷入困境時，Schwarz卻中途介入，讓Weiβ可以繼續執行任務。另一方面批評者雖然接到撲殺Weiβ的指令，但是卻分批設置炸彈，意圖讓Weiβ看出端倪逃過一劫。趁著Rosen
Kreuz和Schwarz殺得難分難解，Weiβ衝到了基地最底層，在那裡遇到了Epitaph，沒想到她竟然是...
第12話 Epitaph
被Epitaph控制了心靈的如月文江，發現自己開槍射殺了親生兒子猛，也就是榭那，萬念俱灰之下要求蘭殺了自己。蘭和隨後趕到的健和臣，發現Epitaph原來是一台超級電腦。Schwarz和Rosen Kreuz的大戰，雖然Rosen
Kreuz開始佔盡上風，但是最後都被Schwarz打敗，而Schwarz的成員也兩敗俱傷。Weiβ們正要破壞Epitaph的時候，土井也帶著剛誕生的進化人類趕來，雙方即將展開最後的大戰...
第13話 Tomorrow
SS在日本的研究機構破壞了，但是戰鬥並未結束。第4代Weiβ的成員如今剩下臣、健、蘭和耀爾。耀爾失去了記憶，最後和醫院認識的護士結婚，過著一般人的生活。臣則繼續擔任波斯，因為第4代Weiβ在一次任務之後音訊全無，因此開始籌劃起第5代的Weiβ。健為了尋找自我而進入監獄並在那發現了今後的目標。蘭則繼續從事暗殺的工作，但是卻在某個大雪紛飛的日子被一個小男孩刺殺...