在這些作品裡，最著名的莫過於最後三首交響曲。由於莫札特沒有為自己的作品標號，後人給它們的編號是從三十九到四十一號。這三首交響曲是從一七八八年六月開始動筆，六個星期後全部完成。沒有證據顯示莫札特曾經親自聽到這三首交響曲現場演出，而到目前為止，這三首交響曲仍然是古典音樂中的上選傑作。這三首交響曲都一樣出色，但是風格各有不同。和前後兩首交響曲比起來，第四十號交響曲嚴肅多了。樂曲整體風格灰色陰暗而且陌生，似乎有不明的力量讓它和前後兩首交響曲呈現完全不同的面貌。四十一號交響曲以莊嚴堂皇、宏偉雄渾的曲風得到「周彼得」（羅馬神話中的天神）的標題。這部交響曲一反過去莫札特式的優美，代之而起的是豪放與莊嚴的氣魄。這是莫札特一七八八年的作品，當時為貧困所苦的莫札特以兩個月的時間寫下最後三首風格完全不同的交響曲，被認為是他的「天鵝之歌」。這是慕提與維也納愛樂於一九九一年七月於薩爾茲堡音樂節上的演出實況。維也納愛樂的充滿力度與成熟的聲音、甜美的弦樂讓人留下深刻的印象，慕提採用的速度雖然比一般的演出慢些，但是豐富的聲響卻是其他演出所沒有的。