二十一世紀初，「謎之侵略者」在十七天內毀滅近乎半顆地球。此時，一顆被稱作「石」的神秘結晶體，成為人類最後的希望。這顆「石」具備能挑選「適任者」的力量，平均每八百萬人才會選出一名「適任者」，而這群被挑選出來的「適任者」，將被強制聚在一起，並接受特殊科學忍術訓練。為了消滅侵略者、為了打造究極兵器──這群被「石」所操控的科學忍者部隊，名字就叫作「科學小飛俠」！
【導 演】佐藤東彌【極道鮮師電影版】【家政婦女王】
【編 劇】渡邊雄介【20世紀少年】【殺戮都市】
【主 演】松坂桃李【麒麟之翼：新參者劇場版】
綾野剛【巴黎鞋奏曲】【惡女羅曼死】
剛力彩芽【清須會議】【黒執事】
濱田龍臣【黃色大象】
鈴木亮平【瘋狂假面】【小孩警察】
片 長：約110分鐘
發 音：日語
字 幕：中文
螢 幕 比：16：9
音 效：Dolby Digital 5.1