業號結束五年探險任務之後，主要船員們都奔東西，寇克艦長晉升為上將，企業號也大幅翻修，換上了新的戴克艦長。但是，突然有一團高能量雲團直衝地球而來，它所經之處，不管是星艦還是太空站，都被摧毀。於是，寇克接到了星際艦隊的指令-立即接掌企業號，執行緊急任務。於是寇克集合了所有的主要船員，再加上暫貶為副艦長的戴克和新導航員伊麗亞，乘著改裝後的企業號，一起去拯救地球。