10 野心之島
皮尼歐終於率領自己的船團登上平台。見識到舊文明遺產力量的皮尼歐，以無線電通知所有其他船團「我們殲滅了鯨烏賊，打撈到許多寶物」，並下令只要靠近的船隻一律擊沉。這導致船團中人心惶惶，有人贊同、也有人反對他的作法。梅爾蒂為此十分擔心。另一方面，萊德透過在海底遺跡找到的記憶媒體，得知了某種真相。過去那樣為銀河同盟奉獻一切戰鬥有意義嗎？萊德回顧自己的行為，無法抑制心裡產生的厭惡感。同時間，聽到皮尼歐宣言的加爾岡緹亞船團也大為震撼。得知萊德與捷霸殲滅了鯨烏賊，艾咪深受打擊。此時，無視皮尼歐的警告，想奪取寶物的海盜船正逐漸逼近中…

11 恐怖的霸王
出現了大船團逐漸逼近霧之海，皮尼歐發動攻擊，卻被對方壓倒性的戰力震懾。率領該船團的是人類銀河同盟的庫格爾中校，正是萊德的長官。庫格爾也與座機史多來克一起漂流到地球。在庫格爾船團迎接萊德的是奧迪莉亞與神官們。庫格爾教導地球人類作戰方法，並以殲滅黑迪亞斯的思想構築船團。萊德向庫格爾報告在海底遺跡發現的事實，以及黑迪亞斯發源於人類的事實。但是庫格爾毫不驚訝，還說那是人類銀河同盟高層沉默的共識，要繼續為了生存與放棄人類身分的黑迪亞斯戰鬥。他相信自己率領的船團人民是幸福的，並對萊德提出邀約，要一起改變這個星球。

12 決斷時刻
皮尼歐被庫格爾船團委託修復古文明遺物，就在他為此欣喜若狂時，海盜娜凱姬找上了他。娜凱姬只是表面上順服，其實對此船團的作法感到不滿。庫格爾船團的航路上，加爾岡緹亞船團也順著海銀河航行接近。想要以武力將加爾岡緹亞納入管制的庫格爾向萊德表示，若是收服加爾岡緹亞船團將交由萊德統治。「為此行星建立新的秩序是我們的使命」「讓地球成為第二個阿瓦隆」。萊德對庫格爾說的話產生了疑慮，想起了在加爾岡緹亞的生活，以及跟艾咪等人的相處。

13 翠星的傳說
皮尼歐、娜凱姬和佛朗吉為了對抗庫格爾船團，集結所有飛行機及人型機組成反抗戰線。海面上掀起戰爭的同時，捷霸和史多來克也在空中激戰。萊德與捷霸發現了驚人的事實真相。當萊德強制開啟史多來克駕駛艙時，發現了已經木乃伊化的庫格爾中校。史多來克的AI，依據庫格爾生前的規劃，實行並維持其構想的社會型態。「萊德少尉應該感受到自行思考判斷是極大負擔，服從我能讓您從此重擔中解放」。萊德正要反駁時，捷霸搶先駁斥史多來克的理論。自覺在地球無容身之處，對銀河同盟也感到幻滅的萊德，決定賭上性命與史多來克一戰。背水一戰的萊德，最後會迎向怎麼樣的結局…？

OVA 15 異界神的祭壇
在大戰中，庫格爾與史多來克被蟲洞吞噬。下降到地球後，庫格爾碰到一位少女‧莉娜莉亞，並在海盜船團的繼位爭奪中救了她，之後被當作「神的使者」迎入船團。

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