秘密的SML組織為了維護世界和平，阻止邪惡的黑道組織-豬蹄組征服世界的詭計，派美色潛入邪惡組織，偷取執行計畫的核心元件。在逃亡過程中，美色無意間 上了小新一行人搭乘的遊船，使得小新也被捲入正邪的對抗戰中，還被帶往邪惡組織。原來邪惡組織要進行的計畫是，讓大袋博士開發出來的新型電子生命體肥嘟嘟 左衛門入侵全世界的電腦，進而征服世界。沒想到這個新型的電子生命體的原創者居然是小新，因為小新的緣故，肥嘟嘟左衛門棄惡從善，最後還救了小新一行人。