全世界年紀最輕的笨蛋間諜誕生！！

突然出現的國籍不明神祕少女檸檬，帶來小新最愛的英雄，動感超人的這項訊息。

「新之助，從今天起，你也是動感間諜的一員，和我們一起為正義而戰吧！」 深信不疑的小新，開始在檸檬的指導下，展開了間諜訓練，並與檸檬搭檔，逐漸得到成長。

最後動感超人終於下達了一項指令。 「我要交付你們一個任務，有一個邪惡的博士，偷拿走我非常重要的正義膠囊，你們快去將膠囊拿回來。」 任務，開始……!

檸檬和小新立刻飛往邪惡博士所在的「部準方畢王國」，並潛入研究所，小新更獨自一人挑戰堅不可摧的保全系統，沒想到博士早就在等待小新的到來，更說出令人意外的話……。 「你完全被騙了！這個東西根本就不是正義的膠囊！是一種名為超級方舟畢II的危險物質。」 「動感超人才不可能會騙我呢！」 究竟小新被選為間諜的理由何在？正義的膠囊=超級方舟畢II到底是什麼……？ 檸檬的真正目的何在？？？正義、背叛、友情、祕密…… 將5歲的笨蛋幼稚園兒小新，以及野原一家人全部捲入其中，攸關人類未來命運的巨大陰謀，即將啟動！！！